Ngay sau một vài hoạt động lớn của Liên minh, Rizal bị bắt và chịu án lưu đày. Andrés Bonifacio, khi này đã thành lập Katipunan vẫn coi Katipunan là một bộ phận của Liên minh. Tuy nhiên, những ý định củng cố để Liên minh mang tính cấp tiến hơn, cách mạng hơn của Bonifacio gặp thất bại do Liên minh chỉ chủ trương cải cách ôn hòa. Tuy bị án lưu đày nhưng Rizal vẫn được Katipunan mời lãnh đạo khởi nghĩa khi tổ chức này của Bonifacio quyết định rằng sẽ tranh đấu bằng con đường bạo lực, và Rizal từ chối lời mời này. Rizal rời khỏi Philippines nhưng trên đường sang Tây Ban Nha, ông bị bắt và chịu những cáo buộc về tội tổ chức và cổ vũ phong trào khởi nghĩa của tổ chức Katipunan. Ông bị giải về Philippines và chịu án tử hình vào ngày 30-12-1896. Thi hài của ông được chôn cất tại một nơi bí mật, 17 năm sau người ta mới đưa về Luneta và có một đốt xương sống của ông được người ta đựng trong hộp kính để trưng bày tại Bảo tàng Rizal ở Fort Santiago, và nghe đồn, đây là đoạn xương bị trúng đạn khi ông bị xử bắn. Ngày mất của ông được chính thức chọn là một trong những ngày lễ chính thức quốc gia của Philippines.